Legambiente Basso Sebino ha sollevato dubbi sul progetto H2iseO, in merito all'introduzione di un treno alimentato ad idrogeno sulla tratta ferroviaria Brescia-Iseo-Edolo. L’associazione ha pertanto depositato un reclamo presso l’Autorità nazionale anticorruzione (Anac), contestando la mancanza di un dibattito pubblico, come richiesto dall'articolo 6, comma 2, punto 'd' del nuovo codice degli appalti, per progetti riceventi finanziamenti o co-finanziamenti tramite il Piano nazionale di ripresa e resilienza (Pnrr).

Secondo Legambiente, il progetto non specifica in modo adeguato i criteri tecnici necessari per valutare l'impatto sul cambiamento climatico e l'adattamento ad esso, né dimostra di evitare danni significativi ad altri obiettivi ambientali. L'associazione ha espresso preoccupazioni in particolare per le modalità di produzione dell'idrogeno previste negli impianti di Brescia, Iseo ed Edolo, che impiegherebbero metano o biometano, generando emissioni di CO2 e conseguenti danni ambientali.