Su 27,7 miliardi di euro complessivi, 4,1 miliardi sono destinati (sulla carta) a intermodalità e logistica integrata, seconda componente del Piano nazionale di ripresa e resilienza dedicato alle infrastrutture per una mobilità sostenibile. Genova e Trieste sono i due maggiori porti nazionali che il Piano considera "snodi strategici per l’Italia e per il commercio nel Mediterraneo". Per questo, per i due scali si prevede lo sforzo più ingente per "sviluppare le infrastrutture portuali e le infrastrutture terrestri di interconnessione" in Italia. Il Piano punta sul ferro con "interventi di velocizzazione e di incremento della capacità dei trasporti ferroviari per passeggeri e merci, lungo gli assi prioritari del paese Nord-Sud ed Est- Ovest, così come i corridoi europei Ten-T, per favorire la connettività del territorio ed il passaggio del traffico da gomma a ferro".
In particolare, "nel Nord del paese si potenzieranno le tratte ferroviarie Milano-Venezia, Verona-Brennero, Liguria-Alpi e Torino-Lione, migliorando i collegamenti con i porti di Genova e Trieste". Tra le opere fondamentali, il Piano conferma anche "la diga foranea di Genova" e "una serie di interventi per accessibilità portuale e collegamenti ferroviari e stradali con i porti". Altri interventi riguardano la sostenibilità ambientale ed l’efficientamento energetico dei porti (green ports) per la conversione della flotta navale con mezzi ad un minor impatto ambientale, per l’elettrificazione delle banchine (cold ironing), per il rinnovo in logica sostenibile del parco autotrasporto e del trasporto ferroviario merci e per la digitalizzazione dei sistemi logistici portuali e aeroportuali.
Gli interventi avverranno in un quadro di riforme, relative a semplificazione delle operazioni di import/export attraverso l’effettiva implementazione dello sportello unico doganale, con la creazione di un apposito Portale, lo sviluppo di interoperabilità con le banche dati nazionali, il coordinamento da parte della dogana delle attività di controllo; potenziamento delle ZES (Zone economiche speciali) che, grazie alla semplificazione amministrativa, all’applicazione di una legislazione economica agevolata e all’offerta di incentivi di natura fiscale, potranno attrarre investimenti produttivi; snellimento delle procedure di autorizzazione alla realizzazione degli impianti per il cold ironing di competenza di Terna; digitalizzazione, ovvero coordinamento della Piattaforma strategica nazionale Uirnet con la rete dei porti al fine di attivare su tutti i porti i Port community systems, strumenti di digitalizzazione dei movimenti passeggeri e merci.