Un'inchiesta della Guardia di Finanza di Trapani ha investito la Liberty Lines, l'armatore che assicura i collegamenti veloci tra la Sicilia e le isole minori (Eolie, Egadi, Pelagie, Pantelleria, Ustica): il provvedimento ha disposto un sequestro da 100 milioni di Euro, 48 persone risultano indagate e per nove è stata chiesta l'applicazione di misure cautelari. I capi di accusa contestati riguardano corruzione e frode nell'esecuzione di un servizio pubblico. 

Dalle carte emergono criticità operative e gestionali: a bordo di una unità sarebbe stato riscontrato un valore di legionella centinaia di volte superiore ai limiti dichiarati, e la società avrebbe consentito ad un tecnico del Rina di viaggiare gratuitamente, secondo gli investigatori in cambio di pareri tecnici che avrebbero evitato la segnalazione di un'avaria strutturale (tra cui un foro nel tunnel di dritta) alle autorità di vigilanza. 

Nel luglio 2021, mentre le imbarcazioni trasportavano turismo di linea, i comandanti segnalavano continue anomalie —fori ripetuti su scafi, interventi di riparazione richiesti (25) ma in gran parte non eseguiti (solo 5 completati)— con timori concreti di perdere le certificazioni di navigabilità in vista di ispezioni programmate ad ottobre. Le intercettazioni ed i messaggi acquisiti dopo il sequestro dei telefoni nel giugno 2022 documenterebbero comunicazioni tra dirigenti e comandanti che lamentavano ritardi nelle riparazioni e motori spesso tenuti a regime ridotto; la presenza di rifiuti plastici in mare sarebbe stata impiegata come giustificazione per rallentamenti in linea di marcia. Gli utenti, conclude l'accusa, avrebbero viaggiato incolpevolmente ignari della presunta compromissione della sicurezza.