Nonostante la ferrovia sia un'ottima soluzione per decarbonizzare sia il trasporto di persone che quello di merci, secondo Legambiente Sardegna i treni a idrogeno non sembrano essere la soluzione. La Regione Sardegna ha recentemente investito 29,25 milioni di Euro grazie ai fondi Pnrr per due treni a idrogeno, ma per il responsabile scientifico dell'associazione ambientalista Giorgio Querzoli, intervistato dalla stampa locale, si tratta di una scelta "inefficiente e controproducente", oltre che "indubbiamente più costosa e complessa" rispetto all'elettrificazione. Secondo le stime infatti solo il 30% dell'energia prodotta dall'idrogeno verrebbe utilizzata per la trazione, mentre nel caso dell'elettrificazione la percentuale corrisponderebbe all'80-90%. 

Un'altra problematica legata al trasporto ferroviario sardo denunciata da Legambiente è l'inadeguatezza delle linee ferroviarie, obsolete rispetto ai nuovi treni a idrogeno che non potranno nemmeno raggiungere la loro già bassa velocità massima -100 km/h-. Inoltre, una città cardine come Nuoro è l'unico capoluogo di provincia non collegato alla rete nazionale.